Humans
F. Zou, Chai, H. Seng, Younkin, C. S., Allen, M., Crook, J., V Pankratz, S., Carrasquillo, M. M., Rowley, C. N., Nair, A. A., Middha, S., Maharjan, S., Nguyen, T., Ma, L., Malphrus, K. G., Palusak, R., Lincoln, S., Bisceglio, G., Georgescu, C., Kouri, N., Kolbert, C. P., Jen, J., Haines, J. L., Mayeux, R., Pericak-Vance, M. A., Farrer, L. A., Schellenberg, G. D., Petersen, R. C., Graff-Radford, N. R., Dickson, D. W., Younkin, S. G., and Ertekin-Taner, N.,
“Brain expression genome-wide association study (eGWAS) identifies human disease-associated variants.”,
PLoS Genet, vol. 8, no. 6, p. e1002707, 2012.
C. L. Satizabal, Adams, H. H. H., Hibar, D. P., White, C. C., Knol, M. J., Stein, J. L., Scholz, M., Sargurupremraj, M., Jahanshad, N., Roshchupkin, G. V., Smith, A. V., Bis, J. C., Jian, X., Luciano, M., Hofer, E., Teumer, A., van der Lee, S. J., Yang, J., Yanek, L. R., Lee, T. V., Li, S., Hu, Y., Koh, J. Yu, Eicher, J. D., Desrivières, S., Arias-Vasquez, A., Chauhan, G., Athanasiu, L., Rentería, M. E., Kim, S., Hoehn, D., Armstrong, N. J., Chen, Q., Holmes, A. J., Braber, Aden, Kloszewska, I., Andersson, M., Espeseth, T., Grimm, O., Abramovic, L., Alhusaini, S., Milaneschi, Y., Papmeyer, M., Axelsson, T., Ehrlich, S., Roiz-Santiañez, R., Kraemer, B., Håberg, A. K., Jones, H. J., G Pike, B., Stein, D. J., Stevens, A., Bralten, J., Vernooij, M. W., Harris, T. B., Filippi, I., A Witte, V., Guadalupe, T., Wittfeld, K., Mosley, T. H., Becker, J. T., Doan, N. Trung, Hagenaars, S. P., Saba, Y., Cuellar-Partida, G., Amin, N., Hilal, S., Nho, K., Mirza-Schreiber, N., Arfanakis, K., Becker, D. M., Ames, D., Goldman, A. L., Lee, P. H., Boomsma, D. I., Lovestone, S., Giddaluru, S., Le Hellard, S., Mattheisen, M., Bohlken, M. M., Kasperaviciute, D., Schmaal, L., Lawrie, S. M., Agartz, I., Walton, E., Tordesillas-Gutierrez, D., Davies, G. E., Shin, J., Ipser, J. C., Vinke, L. N., Hoogman, M., Jia, T., Burkhardt, R., Klein, M., Crivello, F., Janowitz, D., Carmichael, O., Haukvik, U. K., Aribisala, B. S., Schmidt, H., Strike, L. T., Cheng, C. - Y., Risacher, S. L., Pütz, B., Fleischman, D. A., Assareh, A. A., Mattay, V. S., Buckner, R. L., Mecocci, P., Dale, A. M., Cichon, S., Boks, M. P., Matarin, M., Penninx, B. W. J. H., Calhoun, V. D., M Chakravarty, M., Marquand, A. F., Macare, C., Masouleh, S. Kharabian, Oosterlaan, J., Amouyel, P., Hegenscheid, K., Rotter, J. I., Schork, A. J., Liewald, D. C. M., de Zubicaray, G. I., Wong, T. Yin, Shen, L., Sämann, P. G., Brodaty, H., Roffman, J. L., de Geus, E. J. C., Tsolaki, M., Erk, S., van Eijk, K. R., Cavalleri, G. L., van der Wee, N. J. A., McIntosh, A. M., Gollub, R. L., Bulayeva, K. B., Bernard, M., Richards, J. S., Himali, J. J., Loeffler, M., Rommelse, N., Hoffmann, W., Westlye, L. T., Hernández, M. C. Valdés, Hansell, N. K., van Erp, T. G. M., Wolf, C., Kwok, J. B. J., Vellas, B., Heinz, A., Loohuis, L. M. Olde, Delanty, N., Ho, B. - C., Ching, C. R. K., Shumskaya, E., Singh, B., Hofman, A., van der Meer, D., Homuth, G., Psaty, B. M., Bastin, M. E., Montgomery, G. W., Foroud, T. M., Reppermund, S., Hottenga, J. - J., Simmons, A., Meyer-Lindenberg, A., Cahn, W., Whelan, C. D., van Donkelaar, M. M. J., Yang, Q., Hosten, N., Green, R. C., Thalamuthu, A., Mohnke, S., Pol, H. E. Hulshoff, Lin, H., Jack, C. R., Schofield, P. R., Mühleisen, T. W., Maillard, P., Potkin, S. G., Wen, W., Fletcher, E., Toga, A. W., Gruber, O., Huentelman, M., Smith, G. Davey, Launer, L. J., Nyberg, L., Jönsson, E. G., Crespo-Facorro, B., Koen, N., Greve, D. N., Uitterlinden, A. G., Weinberger, D. R., Steen, V. M., Fedko, I. O., Groenewold, N. A., Niessen, W. J., Toro, R., Tzourio, C., Longstreth, W. T., M Ikram, K., Smoller, J. W., van Tol, M. - J., Sussmann, J. E., Paus, T., Lemaître, H., Schroeter, M. L., Mazoyer, B., Andreassen, O. A., Holsboer, F., Depondt, C., Veltman, D. J., Turner, J. A., Pausova, Z., Schumann, G., van Rooij, D., Djurovic, S., Deary, I. J., McMahon, K. L., Müller-Myhsok, B., Brouwer, R. M., Soininen, H., Pandolfo, M., Wassink, T. H., Cheung, J. W., Wolfers, T., Martinot, J. - L., Zwiers, M. P., Nauck, M., Melle, I., Martin, N. G., Kanai, R., Westman, E., Kahn, R. S., Sisodiya, S. M., White, T., Saremi, A., van Bokhoven, H., Brunner, H. G., Völzke, H., Wright, M. J., Ent, Dvan 't, Nöthen, M. M., Ophoff, R. A., Buitelaar, J. K., Fernández, G., Sachdev, P. S., Rietschel, M., van Haren, N. E. M., Fisher, S. E., Beiser, A. S., Francks, C., Saykin, A. J., Mather, K. A., Romanczuk-Seiferth, N., Hartman, C. A., DeStefano, A. L., Heslenfeld, D. J., Weiner, M. W., Walter, H., Hoekstra, P. J., Nyquist, P. A., Franke, B., Bennett, D. A., Grabe, H. J., Johnson, A. D., Chen, C., van Duijn, C. M., Lopez, O. L., Fornage, M., Wardlaw, J. M., Schmidt, R., DeCarli, C., De Jager, P. L., Villringer, A., Debette, S., Gudnason, V., Medland, S. E., Shulman, J. M., Thompson, P. M., Seshadri, S., and M Ikram, A.,
“Genetic architecture of subcortical brain structures in 38,851 individuals.”,
Nat Genet, vol. 51, no. 11, pp. 1624-1636, 2019.
Y. - C. Hwang, Zheng, Q., Gregory, B. D., and San Wang, L. -,
“High-throughput identification of long-range regulatory elements and their target promoters in the human genome.”,
Nucleic Acids Res, vol. 41, no. 9, pp. 4835-46, 2013.
P. L. Kramer, Xu, H., Woltjer, R. L., Westaway, S. K., Clark, D., Erten-Lyons, D., Kaye, J. A., Welsh-Bohmer, K. A., Troncoso, J. C., Markesbery, W. R., Petersen, R. C., R Turner, S., Kukull, W. A., Bennett, D. A., Galasko, D., Morris, J. C., and Ott, J.,
“Alzheimer disease pathology in cognitively healthy elderly: a genome-wide study.”,
Neurobiol Aging, vol. 32, no. 12, pp. 2113-22, 2011.
J. H. Lee, Mayeux, R., Mayo, D., Mo, J., Santana, V., Williamson, J., Flaquer, A., Ciappa, A., Rondon, H., Estevez, P., Lantigua, R., Kawarai, T., Toulina, A., Medrano, M., Torres, M., Stern, Y., Tycko, B., Rogaeva, E., St George-Hyslop, P., and Knowles, J. A.,
“Fine mapping of 10q and 18q for familial Alzheimer's disease in Caribbean Hispanics.”,
Mol Psychiatry, vol. 9, no. 11, pp. 1042-51, 2004.
A. Sonnega, Faul, J. D., Ofstedal, M. Beth, Langa, K. M., Phillips, J. W. R., and Weir, D. R.,
“Cohort Profile: the Health and Retirement Study (HRS).”,
Int J Epidemiol, vol. 43, no. 2, pp. 576-85, 2014.
Y. Yee Leung, Kuksa, P. P., Amlie-Wolf, A., Valladares, O., Ungar, L. H., Kannan, S., Gregory, B. D., and San Wang, L. -,
“DASHR: database of small human noncoding RNAs.”,
Nucleic Acids Res, vol. 44, no. D1, pp. D216-22, 2016.
M. Daniele Fallin, Szymanski, M., Wang, R., Gherman, A., Bassett, S. S., and Avramopoulos, D.,
“Fine mapping of the chromosome 10q11-q21 linkage region in Alzheimer's disease cases and controls.”,
Neurogenetics, vol. 11, no. 3, pp. 335-48, 2010.
Y. Deming, Xia, J., Cai, Y., Lord, J., Holmans, P., Bertelsen, S., Holtzman, D., Morris, J. C., Bales, K., Pickering, E. H., Kauwe, J., Goate, A., and Cruchaga, C.,
“A potential endophenotype for Alzheimer's disease: cerebrospinal fluid clusterin.”,
Neurobiol Aging, vol. 37, pp. 208.e1-208.e9, 2016.
Y. Hu, Li, M., Lu, Q., Weng, H., Wang, J., Zekavat, S. M., Yu, Z., Li, B., Gu, J., Muchnik, S., Shi, Y., Kunkle, B. W., Mukherjee, S., Natarajan, P., Naj, A., Kuzma, A., Zhao, Y., Crane, P. K., Lu, H., and Zhao, H.,
“A statistical framework for cross-tissue transcriptome-wide association analysis.”,
Nat Genet, vol. 51, no. 3, pp. 568-576, 2019.
Y. Yee Leung, Ryvkin, P., Ungar, L. H., Gregory, B. D., and San Wang, L. -,
“CoRAL: predicting non-coding RNAs from small RNA-sequencing data.”,
Nucleic Acids Res, vol. 41, no. 14, p. e137, 2013.
Y. - J. Li, Scott, W. K., Zhang, L., Lin, P. - I., Oliveira, S. A., Skelly, T., Doraiswamy, M. P., Welsh-Bohmer, K. A., Martin, E. R., Haines, J. L., Pericak-Vance, M. A., and Vance, J. M.,
“Revealing the role of glutathione S-transferase omega in age-at-onset of Alzheimer and Parkinson diseases.”,
Neurobiol Aging, vol. 27, no. 8, pp. 1087-93, 2006.
M. I. Kamboh, Barmada, M. M., Demirci, F. Y., Minster, R. L., Carrasquillo, M. M., Pankratz, V. S., Younkin, S. G., Saykin, A. J., Sweet, R. A., Feingold, E., DeKosky, S. T., and Lopez, O. L.,
“Genome-wide association analysis of age-at-onset in Alzheimer's disease.”,
Mol Psychiatry, vol. 17, no. 12, pp. 1340-6, 2012.
X. Liang, Schnetz-Boutaud, N., Kenealy, S. J., Jiang, L., Bartlett, J., Lynch, B., Gaskell, P. C., Gwirtsman, H., McFarland, L., Bembe, M. L., Bronson, P., Gilbert, J. R., Martin, E. R., Pericak-Vance, M. A., and Haines, J. L.,
“Covariate analysis of late-onset Alzheimer disease refines the chromosome 12 locus.”,
Mol Psychiatry, vol. 11, no. 3, pp. 280-5, 2006.
C. Cruchaga, Kauwe, J. S. K., Harari, O., Jin, S. Chih, Cai, Y., Karch, C. M., Benitez, B. A., Jeng, A. T., Skorupa, T., Carrell, D., Bertelsen, S., Bailey, M., McKean, D., Shulman, J. M., De Jager, P. L., Chibnik, L., Bennett, D. A., Arnold, S. E., Harold, D., Sims, R., Gerrish, A., Williams, J., Van Deerlin, V. M., Lee, V. M. - Y., Shaw, L. M., Trojanowski, J. Q., Haines, J. L., Mayeux, R., Pericak-Vance, M. A., Farrer, L. A., Schellenberg, G. D., Peskind, E. R., Galasko, D., Fagan, A. M., Holtzman, D. M., Morris, J. C., and Goate, A. M.,
“GWAS of cerebrospinal fluid tau levels identifies risk variants for Alzheimer's disease.”,
Neuron, vol. 78, no. 2, pp. 256-68, 2013.
P. Ryvkin, Leung, Y. Yee, Silverman, I. M., Childress, M., Valladares, O., Dragomir, I., Gregory, B. D., and San Wang, L. -,
“HAMR: high-throughput annotation of modified ribonucleotides.”,
RNA, vol. 19, no. 12, pp. 1684-92, 2013.
P. - T. Xu, Li, Y. - J., Qin, X. - J., Scherzer, C. R., Xu, H., Schmechel, D. E., Hulette, C. M., Ervin, J., Gullans, S. R., Haines, J., Pericak-Vance, M. A., and Gilbert, J. R.,
“Differences in apolipoprotein E3/3 and E4/4 allele-specific gene expression in hippocampus in Alzheimer disease.”,
Neurobiol Dis, vol. 21, no. 2, pp. 256-75, 2006.
A. C. Naj, Jun, G., Reitz, C., Kunkle, B. W., Perry, W., Park, Y. Son, Beecham, G. W., Rajbhandary, R. A., Hamilton-Nelson, K. L., San Wang, L. -, Kauwe, J. S. K., Huentelman, M. J., Myers, A. J., Bird, T. D., Boeve, B. F., Baldwin, C. T., Jarvik, G. P., Crane, P. K., Rogaeva, E., M Barmada, M., F Demirci, Y., Cruchaga, C., Kramer, P. L., Ertekin-Taner, N., Hardy, J., Graff-Radford, N. R., Green, R. C., Larson, E. B., St George-Hyslop, P. H., Buxbaum, J. D., Evans, D. A., Schneider, J. A., Lunetta, K. L., M Kamboh, I., Saykin, A. J., Reiman, E. M., De Jager, P. L., Bennett, D. A., Morris, J. C., Montine, T. J., Goate, A. M., Blacker, D., Tsuang, D. W., Hakonarson, H., Kukull, W. A., Foroud, T. M., Martin, E. R., Haines, J. L., Mayeux, R. P., Farrer, L. A., Schellenberg, G. D., Pericak-Vance, M. A., Albert, M. S., Albin, R. L., Apostolova, L. G., Arnold, S. E., Barber, R., Barnes, L. L., Beach, T. G., Becker, J. T., Beekly, D., Bigio, E. H., Bowen, J. D., Boxer, A., Burke, J. R., Cairns, N. J., Cantwell, L. B., Cao, C., Carlson, C. S., Carney, R. M., Carrasquillo, M. M., Carroll, S. L., Chui, H. C., Clark, D. G., Corneveaux, J., Cribbs, D. H., Crocco, E. A., DeCarli, C., DeKosky, S. T., Dick, M., Dickson, D. W., Duara, R., Faber, K. M., Fallon, K. B., Farlow, M. R., Ferris, S., Frosch, M. P., Galasko, D. R., Ganguli, M., Gearing, M., Geschwind, D. H., Ghetti, B., Gilbert, J. R., Glass, J. D., Growdon, J. H., Hamilton, R. L., Harrell, L. E., Head, E., Honig, L. S., Hulette, C. M., Hyman, B. T., Jicha, G. A., Jin, L. - W., Karydas, A., Kaye, J. A., Kim, R., Koo, E. H., Kowall, N. W., Kramer, J. H., LaFerla, F. M., Lah, J. J., Leverenz, J. B., Levey, A. I., Li, G., Lieberman, A. P., Lin, C. - F., Lopez, O. L., Lyketsos, C. G., Mack, W. J., Martiniuk, F., Mash, D. C., Masliah, E., McCormick, W. C., McCurry, S. M., McDavid, A. N., McKee, A. C., Mesulam, M., Miller, B. L., Miller, C. A., Miller, J. W., Murrell, J. R., Olichney, J. M., Pankratz, V. S., Parisi, J. E., Paulson, H. L., Peskind, E., Petersen, R. C., Pierce, A., Poon, W. W., Potter, H., Quinn, J. F., Raj, A., Raskind, M., Reisberg, B., Ringman, J. M., Roberson, E. D., Rosen, H. J., Rosenberg, R. N., Sano, M., Schneider, L. S., Seeley, W. W., Smith, A. G., Sonnen, J. A., Spina, S., Stern, R. A., Tanzi, R. E., Thornton-Wells, T. A., Trojanowski, J. Q., Troncoso, J. C., Valladares, O., Van Deerlin, V. M., Van Eldik, L. J., Vardarajan, B. N., Vinters, H. V., Vonsattel, J. Paul, Weintraub, S., Welsh-Bohmer, K. A., Williamson, J., Wishnek, S., Woltjer, R. L., Wright, C. B., Younkin, S. G., Yu, C. - E., and Yu, L.,
“Effects of multiple genetic loci on age at onset in late-onset Alzheimer disease: a genome-wide association study.”,
JAMA Neurol, vol. 71, no. 11, pp. 1394-404, 2014.
P. Ryvkin, Leung, Y. Yee, Ungar, L. H., Gregory, B. D., and San Wang, L. -,
“Using machine learning and high-throughput RNA sequencing to classify the precursors of small non-coding RNAs.”,
Methods, vol. 67, no. 1, pp. 28-35, 2014.
A. L. Boyles, Scott, W. K., Martin, E. R., Schmidt, S., Li, Y. - J., Ashley-Koch, A., Bass, M. P., Schmidt, M., Pericak-Vance, M. A., Speer, M. C., and Hauser, E. R.,
“Linkage disequilibrium inflates type I error rates in multipoint linkage analysis when parental genotypes are missing.”,
Hum Hered, vol. 59, no. 4, pp. 220-7, 2005.
J. R. Murrell, Price, B., Lane, K. A., Baiyewu, O., Gureje, O., Ogunniyi, A., Unverzagt, F. W., Smith-Gamble, V., Gao, S., Hendrie, H. C., and Hall, K. S.,
“Association of apolipoprotein E genotype and Alzheimer disease in African Americans.”,
Arch Neurol, vol. 63, no. 3, pp. 431-4, 2006.
]